（1）取得政府补助时会计确认为营业外收入的，税务处理时研发费用中政府补助部分可全额作为加计扣除基数。

（2）会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的（如作为不征税收入申报），税前扣除的研发费用与会计的扣除金额相同，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。企业在税收上将政府补助确认为应税收入，同时增加研发费用，加计扣除应以税前扣除的研发费用为基数。